Berdasarkan Peraturan Bupati Belu Nomor 47 Tahun 2021 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi, serta Tata Kerja Dinas Komunikasi dan Informatika Kabupaten Belu, struktur organisasi Dinas Komunikasi dan Informatika terdiri atas beberapa unsur pimpinan, pelaksana, dan jabatan fungsional yang memiliki tugas pokok dan fungsi masing-masing. Secara umum, susunan organisasi Dinas Komunikasi dan Informatika Kabupaten Belu adalah sebagai berikut:
